Se puede agregar los archivos a .git/info/exclude, una especie de .gitignore privado.
Por ejemplo, cuando uso yarn, se crea un yarn.lock. Mis compañeros aún no están convencidos de usar yarn y les molesta agregar ese archivo al .gitignore del proyecto.
$ echo "yarn.lock" >> .git/info/exclude
O cuando tengo ciertas anotaciones de uso personal que no deseo que se suban al repositorio.
$ echo "mis-notas.txt" >> .git/info/exclude
Update (20161104)
Puede ser que el archivo que se quiera ignorar ya esté trackeado. En ese caso, lo que hay que usar es algo como:
$ git update-index --assume-unchanged client/webpack.config.js
Referencia: http://stackoverflow.com/a/10881296/740552